Nach dem Abitur begann Prof. Dr.med. Ekkernkamp das Studium der Human- und Zahnmedizin in Münster/ Westfalen, sowie der Humanmedizin in Bern/ Schweiz. Nach Abschluss des Staatsexamen, der Approbation und Promotion arbeitete er als Gastarzt an der Örtophädischen Universitätsklinik in Wien.
Danach wechselte er in das Bundeswehrkrankenhaus Osnabrück und wurde Stabsarzt in München. Die Habilitation legte er 1992 an der Medizinischen Fakultät der Ruhr Universität Bochum ab, bevor er an der ersten Auslandsmission der Deutschen Bundeswehr UNTAC in Kambodscha teilnahm. Nach seiner Rückkehr 1994 verschlug es Prof. Dr.med. Ekkernkamp in die USA für einen Gast-Aufenthalt am Harborview Medical Center.
Seit 1997 ist er Direktor der Klinik für Unfallchirurgie des Unfallkrankenhauses Berlin, seit 1999 Geschäftsführer.
Ebenfalls seit 1999 hält Prof. Dr.med. Ekkernkamp eine ordentliche Professur an der Ruhr Universität Bochum.