Seit 2021 ist Christoph Pfluger Verwaltungsdirektor des Bezirkskrankenhauses St. Johann in Tirol. Zuvor leitete er von 2016 bis 2021 die Stabsstelle Qualitätsmanagement an der Universitätsklinik Innsbruck und verantwortete dort unter anderem Qualitäts-, Projekt-, Beschwerde- und Bettenmanagement sowie die COVID-Koordination. Bereits von 2013 bis 2016 war er am Bezirkskrankenhaus St. Johann in Tirol als Leiter der Abteilung Qualitätsmanagement, Projektmanagement und Organisationsentwicklung tätig. Seine berufliche Laufbahn begann Christoph Pfluger als Diplomkrankenpfleger an der Universitätsklinik Innsbruck – zunächst auf der Station für Onkologie/Stoffwechsel/AIM, später auf der Knochenmarktransplantationsstation. Dort war er ab 2004 stellvertretender Stationsleiter, bevor er von 2009 bis 2013 die Leitung der Knochenmarktransplantationsstation, der Nephrologie-Station, Nephro-Sono sowie der Ambulanz für Hämatologie/Onkologie übernahm.