Nach dem Studium der Humanmedizin an der Universität Innsbruck entschied sich Waldenberger im Rahmen seiner chirurgischen Ausbildung an der Universitätsklinikik Innsbruck für die Spezialisierung in Herzchirurgie. Seine Ausbildung führte ihn auch an das Texas Heart Institute in Houston, USA, und seine PhD-Studien nach Leuven, Belgien. Schließlich wurde er Oberarzt an der Herzchirurgischen Klinik der Charite in Berlin. Er habilitierte an der Medizinischen Fakultät der Universität Innsbruck. und übersiedelte an die Herzchirurgie des KH Hietzing in Wien. Dort spezialiserter er sich vor allem in der Chirurgie der thorakalen Aortenaneurysmen und für einige Jahre in der Bypass-Chirurgie am schlagenden Herzen. Die zunehmende Managmenttätigkeit führe ihn dann als Medizinschen Direktor ins Klinikum Klagenfurt, dem drittgrößte Krankenhaus Österreichs. An der Sigmund Freud Privatuniversität erhielt er einen Lehrstuhl für Gesundheitsökonomie und Organsiationsethik und ist derzeit interimistischer Ärztlicher Direktor des Kepleruniversitätsklinikums in Linz.