Der gebürtige Waldviertler und Absolvent der Universität für Bodenkultur ist seit 2011 Geschäftsführer der IGO. Davor war er viele Jahre Geschäftsführer der österreichischen Sektion von Ärzte ohne Grenzen und als Projektleiter und Berater in der Entwicklungszusammenarbeit tätig.
Seit 2015 ist Franz Neunteufl Mitglied des Vorstandes von Ärzte ohne Grenzen Österreich.