Herr Heschl ist im Jahr 1987 in die damalige Creditanstalt Bankverein eingetreten.
Im Jahr 1994 wurde er Abteilungsleiter der Kreditabteilung II (Restrukturierung und Sanierung). Im Jahr 1998 wechselte er vom Risikobereich in den Geschäftsbereich, wo er im Jahr 2000 zum Bereichsleiter für das Großkundengeschäft in der damaligen Bank Austria Creditanstalt bestellt wurde. Zusätzlich war er 2008 Leiter des Global Account Managements und Corss Border Business Managements in der UniCredit S.p.A.
2010 erfolgte der Wechsel in die Erste Group Bank AG als Bereichsleiter für Group Large Corporates Business der Erste Group.
2016 wechselte er in die VBV-Pensionskasse AG als Chief Risk Officer.
Seit 1.7.2016 ist Mag. Gernot Heschl Vorsitzender des Vorstands der VBV-Pensionskasse AG und Mitglied des Vorstands der VBV-Betriebliche Altersvorsorge AG.