Gudrun Obersteiner studierte Landschaftsökologie und Landschaftsgestaltung an der Universität für Bodenkultur, Wien (Sponsion 1995). Anschließend absolvierte sie das Aufbaustudium Technischer Umweltschutz gemeinsam an der BOKU und der TU Wien (Abschluss 2000) sowie die Ausbildung zum European Environmental Expert am TGM Höhere Technische Lehranstalt für Wirtschaftsingenieurwesen (Abschluss 2001).
Ihre berufliche Erfahrung startete Gudrun Obersteiner unter dem Verhaltensforscher Otto Koenig bei der Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg im Jahr 1992. Nach fast 10jähriger Tätigkeit im Bereich Gewässerökologie/Hydrobiologie wechselte sie in den Bereich Abfallwirtschaft und startete im Jahr 2000 am Institut für Abfallwirtschaft der Universität für Bodenkultur, Wien als wissenschaftliche Assistentin.
Schwerpunkte ihrer aktuellen Forschungstätigkeit liegen in den Bereichen Entsorgungslogistik (Fokus Abfallvermeidung), Umweltmanagement sowie Nachhaltigkeitsbewertung in der Abfallwirtschaft.
Gudrun Obersteiner leitet mehrere nationale und internationale Forschungsprojekte zum Thema Lebensmittelabfallvermeidung.
Seit 2012 ist sie stellvertretender Institutsvorstand und kaufmännische Geschäftsführung des Institutes für Abfallwirtschaft an der Universität für Bodenkultur, Wien.