Günther Ofner studierte Rechtswissenschaften an der Universität Wien.
Von 1981 bis 1984 war er Ausbildungsleiter und Assistent des Vorstandsvorsitzendes bei der Volksfürsorge Jupiter Versicherungs AG.
Zeitgleich trat er als Geschäftsführer des Friedrich Funder Instituts für Journalistenausbildung und Medienforschung auf.
1992 wechselte Ofner zur Österreichischen Elektrizitätswirtschafts AG und übernahm die Funktion des stellv. Leiters des Auslandsbüros.
In den Jahren 1994 bis 2004 war er als CFO von BEWAG tätig.
Anschließend fungierte er für ein Jahr als Vorstandsvorsitzender der UTA Telekom AG. Von 2005 bis 2011 war er zugleich Vorstandsmitglied der Burgenland Holding AG und Geschäftsführer von EVN in Mazedonien und Albanien.
Seit 2011 ist Günther Ofner Vorstandsmitglied der Flughafen Wien AG. Seit 2015 bekleidet er zusätzlich das Amt des Aufsichtsratspräsidenten der Hypo Niederösterreich.