Klaus Garstenauer hat die Höhere Technische Bundeslehranstalt für Maschienenbau in Steyr und die Fahrdienstleiterausbildung der ÖBB absolviert. Nach seinem Studium der Betriebswirtschaftslehre an der Wirtschaftsuniversität Wien, der University of Noth Carolina sowie der Universität für Wirtschaftswissenschaften Budapest war Klaus Garstenauer als Assistent am Institut für Transportwirtschaft der Wirtschaftsuniversität Wien tätig.
1997 bis 2005 hat er bei der ÖBB-Infrastruktur AG am Aufbau der Streckenkostenrechnung mitgewirkt und das System des Infrastruktur-Benützungsentgelts (IBE) aufgebaut.
2006 bis 2009 übernahm er eine leitende Funtion in Marketing und Vertrieb für Eisenbahnsicherungstechnik der Thales Austria AG.
Seit 2009 trägt Klaus Garstenauer die Verantwortung für den Bereich Nah- und Regionalverkehr der ÖBB-Personenverkehr AG.