Markus Hein absolvierte nach der Matura an der HAK Völkermarkt ein Informatikstudium an der JKU Linz und schloss als Diplom-Ingenieur ab. Seine berufliche Laufbahn startete er als selbstständiger Informatiker. Seine Expertise und sein Engagement führten ihn anschließend zu einem international führenden Software-Unternehmen mit dem Schwerpunkt auf Security. Dort arbeitete er bis 2015 als Development & QA Manager.
In der Politik war Hein ab 2009 in verschiedenen Funktionen in Linz aktiv. Ab 2015 war er Stadtrat und Vizebürgermeister für Stadtplanung und Verkehr. Seit 2022 ist Hein Geschäftsführer der IKT Linz GmbH.