Markus Keller arbeitet seit Oktober 2006 am Fraunhofer IPA als Projektleiter in den Bereichen der Spurenanalytik partikulärer und chemischer Verunreinigungen unter anderem für pharmazeutische Produktionen mit den entsprechenden analytischen Methoden. 2016 promovierte er an der Fakultät Maschinenbau der Universität Stuttgart. Er leitete den Aufbau der Messplätze für luftgetragene organische Kontaminationen und flüssigkeitsbasierte ionische Kontaminationen. Für das Industriekonsortium CSM – reinraumtaugliche Materialien entwickelte er eine standardisierte Messmethoden zur Beurteilung des Ausgasungsverhaltens, der chemischen-mikrobiologischen Beständigkeit und der Reinigbarkeit von Materialien. Im Rahmen seiner Tätigkeit ist er Mitglied in den Standardisierungsgremien VDI 2083 Blatt 17 und Blatt 20. Des Weiteren führt er chemisch-mikrobiologische Materialuntersuchungen, Bewertungen und Beratungen zum hygienegerechten Design von Maschinen und Betriebsmitteln und zur Steriltechnik durch. Markus Keller baut maßgeblich den Arbeitsbereich der Abteilung Reinst- und Mikroproduktion mit Fokus Kontaminationskontrolle in der pharmazeutischen und medizintechnischen Industrie stetig aus.