Nikolaus Ferstl hat seit seinem Studium viele Jahre erfolgreich in der Planung und im Bau von internationalen GU-Projekten im Bereich der Reinraum- und Gebäudetechnik vor allem für die Pharmaindustrie in verantwortlichen Positionen gearbeitet. Zuletzt war er als stellv. Niederlassungsleiter bei der LSMW in Wien für Reinraumprojekte in ganz Südosteuropa zuständig.
Seit April 2009 ist er als Technischer Leiter am Universitätsklinikum und der Universität Regensburg zum einen für die komplette Instandhaltung, Wartung, Störungsbeseitigung, den Bauunterhalt, das Facility Management und zum anderen sowohl für alle Um- als auch Neubauten an beiden Standorten verantwortlich.
Als Spezialist für die Reinraum- bzw. Pharmatechnik ist er bereits seit vielen Jahren Dozent bei Concept Heidelberg und mittlerweile auch u.a. bei der WGKT und Emtec im Bereich des Gesundheitswesens und der Krankenhaustechnik und bei OTTI e.V für verschiedenste Themengebiete.