Nach seiner Promotion an der Medizinischen Fakultät der Universität Wien absolvierte Univ.- Prof. Dr. Stefan Nehrer die Facharztausbildung zum Facharzt für Orthopädie und Orthopädischer Chirurgie & Sportorthopädie an der MUW wo er 1999 habilitierte. Zurzeit hat Stefan Nehrer die Professur für Tissue Engineering an der Donau- Universität Krems inne. Außerdem leitet er dort seit 2006 das Zentrum für Regenerative Medizin und Orthopädie, zudem wurde er im Jänner 2011 zum Dekan der Fakultät für Gesundheit und Medizin bestellt. und leitet auch das Department für Gesundheitswissenschaften und Biomedizin.
Neben seiner universitären Laufbahn ist Stefan Nehrer am Universitätsklinikum Krems an der orthopädischen Abteilung, mit Schwerpunkt Sportorthopädie und Knorpelchirurgie tätig.Von 2011-2013 war Nehrer Präsident der Österreichischen Gesellschaft für Orthopädie und orthopädischer Chirurgie (ÖGO) und ist zurzeit als UEMS und EFORT Delegierter für die europäischen Belange der ÖGO zuständig.